繼墨西哥發現甲型H1N1流感(原稱人感染豬流感)疫情後，衛生部、農業部、國家質檢總局等相關部門高度重視並密切關注，上海市及時推出了《上海市預防和控制人感染豬流感工作方案（暫行）》以積極嚴防甲型H1N1流感。

2009年4月30日，在復星集團總部領導的倡議下，復星醫藥在第一時間負責制定了「關於復星集團防治甲型H1N1流感的預案」。復星集團副總裁吳平對各產業、各專業公司作了要求，並由復星集團資源管理部及各產業、各專業公司行政體系負責人以及復星醫藥商業管理委員會負責人共同成立了甲型H1N1流感防治預案工作小組，提前啟動甲型H1N1流感的防治預案，保障員工、家庭身體健康與環境安全，維持各項商務活動的正常進行。

在復星醫藥商業管理委員會的督促下，包括復星大藥房等全國各合作企業大藥房，已提前做好藥品的儲存及統籌調度工作，包括：消毒用品、消毒劑、口罩、預防藥、抗病毒藥品、紅外測溫計（溫度計）等。

對此，復星大藥房採取了一系列措施：目前已經準備好相關商品，消毒用品、體溫計、抗病毒藥物及口罩等相關商品供應正常。為了保證市場供應及以防流感的爆發，採購部門正在積極增加相關商品儲備，即使流感被有效控制致使相關商品出現積壓報損，公司也會把承擔社會責任放在首位，增加一定的儲備量。藥房還注重加強對顧客的宣傳和指導，公司統一印製了預防甲型H1N1流感的海報，在復星大藥房直營店進行張貼和宣傳，指導顧客進行有效預防。門店營業員在遇到顧客購買適用發燒、感冒症狀的藥品時，及時提醒顧客去醫院就診。

同時，復星醫藥也在公司內部相應地施行了預防措施。在公共辦公區域，由物業做好每天的消毒工作；在預案期內，物業必須做好空調設備管道、風口的消毒及清潔工作；在盥洗室，由物業負責統一放置消毒洗水液、香皂，供員工定時洗手；員工餐廳，由復星集團資源管理部負責監督，督促餐廳餐具消毒；在預案期內，提倡使用電話會議的形式與各產業、各專業公司作工作交流，儘量減少集中開會時間。